Nos ultimos meses surgiram diversas bibliotecas javascript para auxiliar o desenvolvimento 2.0, mas qual é a melhor? Realmente é uma pergunta díficil, eu diria que é a mesma resposta da pergunta "Qual IDE é melhor Eclipse ou NetBeans?", a melhor é a que você está mais habituado.

Resposta:

Pode ser que uma biblioteca tenha mais facilidade em um certo ponto, pois esse é o foco dela, mas isso não impede que você faça a mesma funcionalidade utilizando outra biblioteca, mas um ponto é bom frizar, algumas bibliotecas tem focos diferentes.

Comecei utilizando o MooTools e gostei muito do controle ajax e outras "extensões" que ela proporciona, depois com a grande visibilidade que o jQuery obteve, surgiu diversos plugins e artigos sobre essa biblioteca e também passei a usa-lo, porém não abri mão do MooTools.

Acho que por mais que eu tente explicar não conseguirei ser melhor do que um post que achei outro dia em um blog, então recomendo a leitura.

http://juliogreff.blog.br/mootools-vs-jquery/